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目前最早紀錄爪哇伊斯蘭的資料來自於東爪哇發現的一個穆斯林婦女的墓碑，墓碑記載的日期為西元1082年，然而墓碑並沒有說明伊斯蘭在印尼發展的情形，再加上學者懷疑墓碑是否由於某種原因而被運到爪哇，並非原屬於爪哇，而這也使得墓碑紀錄的可靠性遭受質疑。而根據伊斯蘭學者伍德華研究，伊斯蘭於西元十三世紀伊斯蘭教傳至蘇門答臘(Sumatra)，傳至爪哇島應是在西元十四世紀左右。
一般相信，伊斯蘭教主要經由貿易路線由西往東傳至印尼。在西元13世紀初，印度德里出現了一個伊斯蘭王國，之後來自於古扎拉特(Gujarat)以及可洛曼德爾海岸(Coromandel coast)的商人也跟隨這個王國改信伊斯蘭，來自這些地區的商人過去就已經和東南亞有貿易行為了，印度文化就是由他們帶進東南亞，因此沿襲這個傳統，伊斯蘭也透過這些商人帶入了東南亞。
西元十三世紀開始，穆斯林控制著來自印尼群島航行至印度進行交易的貿易事業。印尼群島也在海上航線上興建了數個社群聚落以作為聯繫來自中國、印度和阿拉伯海上貿易商的據點。伊斯蘭教於是隨著這些貿易商散播至各地，而每行經一處港口，穆斯林便會在此地興建清真寺和設立學校，伊斯蘭宗教學者便藉此散播伊斯蘭相關知識和文化。
在爪哇島，早期的穆斯林社群(ummah)多由中國穆斯林、蘇門答臘移居爪哇的穆斯林以及爪哇當地穆斯林所組織而成，這些穆斯林社群剛開始散播於沿海的各港口城市，且規模甚小，也就是說，伊斯蘭化運動一開始並非出現在人口集中的中爪哇地區，而是零星且不起眼的群島西端和東端的地方。
經過了四個世紀之後，這些改宗伊斯蘭的港口和城市逐漸發展出融合原有印度文化體系以及當地傳統的新形態伊斯蘭文化。當伊斯蘭教傳播至各地時，當地的穆斯林會將自己的文化傳統和社會背景摻入伊斯蘭信仰，並以此來理解和實踐宗教信仰，這樣的過程將伊斯蘭不斷地融入符合於當地特色的文化元素，使當地人們更易於接受這個外來的新宗教體系，減少了一般宗教傳播過程中容易引發的衝突和不適應，間接促使了伊斯蘭教在當地的和平地且迅速地擴張，造成逐漸擴大規模的伊斯蘭化。
由於伊斯蘭勢力愈來愈大，在16世紀初的時候，滿者伯夷這個爪哇最後一個印度教王朝被穆斯林消滅了，而信仰伊斯蘭的瑪塔蘭王朝也在這個時候建立，一些不願意改信伊斯蘭的滿者伯夷王朝的皇族流亡到了巴里島，除了在此建立新的政權，並繼續維繫印度教的傳統。因此，巴里島到現在都還是屬於印度教信仰的區域，也成為印尼唯一以信仰印度教為主的島嶼。
儘管，許多爪哇百姓在滿者伯夷王朝衰敗之後改信伊斯蘭，使得伊斯蘭教在印尼宗教信仰上取得了優勢，然而由於伊斯蘭在爪哇的流傳，主要是靠從印度經蘇門答臘來爪哇的傳教士，這些傳教士所帶來的正是伊斯蘭蘇非主義體系，再加上這些爪哇穆斯林過去也曾經被印度化的爪哇政權統治過，他們對於印度化的爪哇傳統文化非常熟悉，因而在印度化爪哇文化與伊斯蘭文化互動之際，並沒有因改宗而排斥或摧毀受到印度教影響的印尼傳統文化，在某些情況下，反而保留許多原來印度化的文化傳統與習俗，也因此使得伊斯蘭教與印度教文化並置的情形。
根據日惹皇宮解說人員阿古絲蒂納(Agustina Smujilah)女士的說明，在日惹宮廷樑柱的圖案中，圖的中間代表伊斯蘭的清真寺，兩側則是女子背對著清真寺的頭部，不清楚的人像符合伊斯蘭禁止一切有關人的清楚影像的規範；而背對著清真寺，則代表著爪哇人不得不接受伊斯蘭的無奈。
儘管伊斯蘭教在印尼得到寬廣的發展空間，甚至印尼已經成為世界最大的穆斯林國家，但印度教/佛教文化在印尼並沒有因此而消失或喪失其重要性，相反的卻以另一種姿態，適度的融入伊斯蘭教與基督宗教當中，而得到發展，並且因此創造出具有印尼特色的宗教文化體系。
正如印度詩人泰戈爾(Tagore)在二十世紀初訪問印尼時所言：「不時了解到印度教徒的情趣和習俗與爪哇人生活結合的情況，感到十分驚奇。然而，印度教在爪哇並非處於非融合狀態。爪哇人在自然的懷抱裏形成獨特的形體，肢體自然是她們自己的，但姿態是印度教。」
